Conforme al artículo 104 de la Ley Orgánica del Tribunal Electoral del Estado de Oaxaca, la Contraloría Interna es un órgano adscrito administrativamente a la Presidencia, con autonomía de gestión e independencia técnica, que ejerce funciones de fiscalización de las finanzas y recursos ejercidos por el Tribunal, así como funciones de control interno para identificar e investigar las responsabilidades de las servidoras y servidores públicos del Tribunal.